El RCD Espanyol en sus 123 años de historia se ha enfrentado a un total de ocho filiales en Segunda división. Estos equipos son: Bilbao Athletic, Elche Ilicitano, Deportivo Aragón, Valladolid Promesas, Real Madrid Castilla, Atlético de Madrid B y Barcelona B. El último en sumarse a la lista es el Villarreal B, que venció por 3-1 a los espanyolistas en La Cerámica. Así, el balance de los pericos con los filiales queda con nueve victorias, dos empates y ocho derrotas en 19 partidos.
El Bilbao Athletic y el Elche Ilicitano son los dos primeros filiales con los que jugó el conjunto blanquiazul en partido oficial. Fue en la temporada 1969-1970, coincidiendo con la segunda temporada del club en Segunda división. Con los rojiblancos el Espanyol se ha enfrentado en seis ocasiones, siendo el filial al que más veces se ha enfrentado, y el balance se iguala en resultados: tres victorias pericas por tres de los leones con un total de siete goles a favor y cinco en contra. Sin embargo, ante el equipo franjiverde solo ha jugado dos partidos acabando con un empate a tres y un contundente 7-0 en Sarrià.
El Real Madrid Castilla es el segundo filial al que más veces se ha enfrentado el Espanyol en su historia. Cuatro partidos han jugado los dos equipos entre las temporadas 1989-1990 y 1993-1994. Todas las temporadas, los filiales son equipos muy difíciles y así lo demuestran. Con los blancos, los pericos han conseguido una victoria, un empate y dos derrotas. Y con el otro equipo de la capital, el Atlético de Madrid B, los blanquiazules solo se han visto las caras en la temporada 1989-1990 y el balance de resultados del Espanyol es de una victoria (1-0) y una derrota (2-1).
Por último, los pericos también han jugado contra el FC Barcelona B. Fue en la temporada 1993-1994 y con este equipo los blanquiazules no han perdido. En el partido de ida, el Espanyol venció 1-2 con un doblete de Velko Iotov y en la vuelta el resultado fue de empate a dos con goles de Francisco López Alfaro y Iotov.
Real Valladolid B y Real Zaragoza B, en la Copa del Rey
En la década de los años 80 los equipos filiales podían participar en la Copa del Rey e incluso tenían presencia en la Segunda división española. Durante 26 años estos equipos pudieron jugar la Copa RFEF, desde la temporada 1993-1944 hasta la 2018-2019, antes de cambiar de formato y ser como el actual torneo. En esta situación, el Espanyol se ha enfrentado al Deportivo Aragón (1982-1983) y al Valladolid Promesas (1984-1985) a partido de ida y vuelta.
Con el Deportivo Aragón, los pericos tienen pleno de victorias. En la ida de la tercera ronda vencieron 3-0 en Sarrià y en la vuelta se ganó por 0-1 en La Romareda con gol de Palanca. En el caso del Valladolid promesas, también se enfrentaron en la tercera eliminatoria. El Espanyol encaminó el pase a la siguiente ronda en el Nuevo Zorrilla con un 4-0 y este resultado le sirvió para seguir vivo en la Copa del Rey. En la vuelta, los blanquivioletas vencieron por 0-1 con un gol de Fernando Lazaro en el minuto 73.