Llegó la campaña 2020-21 para reforzar a un Espanyol que acababa de descender a Segunda división. Con la carta de libertad bajo el brazo tras finalizar su contrato con Osasuna, Fran Mérida fichó por el club blanquiazul al ser un especialista en la categoría; había ascendido el curso anterior con el equipo rojillo. Ahora, con 34 años y sin equipo tras acabar contrato a finales de la pasada temporada, con el CD Lugo, cuelga las botas. Lo ha anunciado con un vídeo en su cuenta de Instagram.
Fran Mérida fue el primer fichaje del Espanyol en la campaña 2020-21 para volver a Primera división. En esa campaña, el mediocentro ofensivo disputó 36 encuentros pero únicamente 13 como titular, con un total de 1.364 minutos. El curso siguiente apenas tuvo protagonistmo (diez duelos ligueros, tres como titular, 296 minutos) y al finalizar la campaña probó suerte en China, defendiendo los colores del TJ Jinmen Tiger.
En total, Fran Mérida disputó 52 partidos con el Espanyol, en los que anotó un gol y dio una asistencia. Formó parte del equipo que ascendió a Primera división en la temporada 2020-21 y la entidad espanyolista fue su noveno club profesional. Tras formarse en el FC Barcelona pasó por Arsenal FC, Real Sociedad, Atlético de Madrid, SC Braga, Hércules CF, Atlético PR brasileño, Osasuna, Espanyol, TJ Jinmen Tiger y CD Lugo, su último club.
